Molecular Biology of the Chromosomes

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We are interested in all the biological processes where DNA is involved: replication, transcription, repair and recombination, how are they regulated and how they alter and are affected by epigenetic factors such as DNA topology and chromatin organization.

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a) Initiation, Elongation, Blockage, Termination and Topology of DNA Replication.

b) Identificaction and Cloning of Genes Involved in Erythroid Differentiation.

Head:

Dora Beatriz Krimer Smunis

c) Replication Fork Barriers and DNA Instability.

Head:

Pablo Hernández Valenzuela

Staff Scientists
Pablo Hernández Valenzuela
Dora Beatriz Krimer Smunis

Junior PI
Jesus A. Carballo

Technical Staff
Alicia Rodríguez Bernabé

Technician
Marta Fernandez Díaz

Predoctoral Students
Andrea Negrin Lorenzo
Daniela Jordán Rodríguez

Ferrándiz, María J.; Hernández, Pablo; de la Campa, Adela G. [2021]. Genome-wide proximity between RNA polymerase and DNA topoisomerase I supports transcription in Streptococcus pneumoniae. PLoS Genet. DOI: 10.1371/journal.pgen.1009542

Schvartzman, Jorge B.; Martínez, Víctor; Hernández, Pablo; Krimer, Dora B.; Fernández-Nestosa, María-José [2021]. Changes in the Topology of DNA Replication Intermediates: Important Discrepancies Between in vitro and in vivo. BioEssays. DOI: doi.org/10.1002/bies.202000309

Schvartzman J.B., Hernández P. and D.B. Krimer [2020]. Topological barriers: Progression of DNA replication relies on DNA topology ahead of forks. BioEssays. DOI: 10.1002/bies.201900204

Sosa H., Fernández-Calleja V., Hernández P., Krimer D.B., Schvartzman and Fernández-Nestosa M.J. [2020]. Análisis de líneas celulares eritroleucémicas con deleciones de genes implicados en el desarrollo de enfermedades hematológicas severas. Doi:10.26885/rcei.foro.2019.19

Martínez V., Schaerer C., Hernández P., Krimer D.B., Schvartzman J.B. and Fernández-Nestosa M.J. [2020]. Distribution of torsional tension between the un-replicated and replicated regions in partially replicated molecules. J Biomol Struct Dynamics. DOI:10.1080/07391102.2020.1751294

Fernández-Calleja V., Fernández-Nestosa M.J., Hernández P., Schvartzman J.B. and D.B. Krimer [2019]. CRISPR/Cas9-mediated deletion of the Wiskott-Aldrich syndrome locus causes actin cytoskeleton disorganization in murine erythroleukemia cells. PeerJ 7:e6284

Schvartzman J.B., Hernández P., Krimer D.B., Dorier J. and A. Stasiak [2019]. Closing the DNA replication cycle: from simple circular molecules to supercoiled and knotted DNA catenanes. Nucleic Acids Res. 47: 7182-7198. DOI: doi.org/10.1093/nar/gkz586

Castán A., Hernández P., Krimer D.B. and J.B. Schvartzman [2018]. DNA catenation reveals the dynamics of DNA topology during replication. Methods Mol Biol, DNA Topoisomerases. 1703: 75-86.

Martínez V., Schaerer C., Fernández-Nestosa M.J., Hernández P., Krimer D.B., and Schvartzman J.B. [2018]. Topology of Partially Replicated DNA Molecules. Proceeding Series of the Brazilian Society of Computational and Applied Mathematics

Castán A., Fernández-Calleja V., Hernández P., Krimer D.B., Schvartzman J.B. and M.J. Fernández-Nestosa [2017]. Analysis of DNA topology of EBV minichromosomes in HEK 293 cells. PLoS One 12:e0188172 (2017). DOI: 10.1371/journal.pone.0188172.

All Publications

BFU2017-87095-R. Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. Impacto de disruptores endocrinos ambientales sobre células germinales femeninas en alteraciones epigenéticas transgeneracionales mediadas por RNAs pequeños no-codificantes. IP: Jesús del Mazo.

BIO2017-82951-R. Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. Estudio de los factores que organizan el cromosoma de Streptococcus pneumoniae: nuevas dianas de antibióticos y mecanismos de resistencia. IP: Adela González de la Campa.

Programa PROCIENCIA del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), Componente I1. Fondos Concursables de Proyectos de I+D. PINV15-573 “Estructura y dinámica del ADN durante la replicación” PIs: Jorge B. Schvartzman y María José Fernández-Nestosa. 2017-2020.

Programa PROCIENCIA del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), Componente I3. Proyectos de Infraestructura y equipamiento para la Investigación. LABO16-102 “Centrífugación de alta velocidad para la separación de partículas de bajo coeficiente de sedimentación (minicromosomas, plásmidos, fagos y macromoléculas)” PI: María José Fernández-Nestosa. 2018-2020

Programa PROCIENCIA del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), Componente I1. Fondos Concursables de Proyectos de I+D. PINV18-122 “Efecto de la deleción de proteínas específicas del linaje hematopoyético sobre la reprogramación de la diferenciación en células eritroleucémicas”. PI: Dora B. Krimer. 2020-2021

BFU2014-56835-P. Ministerio de Economía y Competitividad. Dinámica de la topología del DNA y el papel de las topoisomerasas en transcripción, replicación, condensación, segregación, reparación y recombinación.

AECID, AP/038170/11, “Mecanismos moleculares de la diferenciación celular”, IPs: DB Krimer y MJ Fernández-Nestosa, (PCI 2011 AECID, 2011-2012)

I-COOP0009 (CSIC). “Impact of the SFFV retrovirus integration in erythroleukemia cells”, IPs: DB Krimer y MJ Fernández-Nestosa (2011-2013)

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