El Servicio de Proteómica y Genómica del CIB Margarita Salas es un servicio de apoyo científico y tecnológico a la investigación, tanto para los investigadores del CIB Margarita Salas, como para los investigadores de otros centros e instituciones. El Servicio está integrado en la RED de laboratorios de la Comunidad de Madrid (Laboratorio 317).
Desde 2012 el laboratorio está certificado conforme a la norma UNE-EN ISO9001:2015 en "La determinación de la masa molecular por espectrometría de masas".
CertificadoER-0286-2009_ES_2023-12-26.pdf
SERVICIOS OFERTADOS:
PROTEÓMICA
- Separación de proteínas por electroforesis mono (SDS-PAGE) o bidimensional en geles de 7 cm y posterior tinción con Azul de Coomassie coloidal.
- Determinación de la masa molecular de péptidos y proteínas (MALDI-TOF).
- Identificación de proteínas mediante su huella peptídica y fragmentación de péptidos (MALDI-TOF/TOF).
- Identificación de proteomas completos y mezclas complejas de proteínas por cromatografía líquida masas-masas por Q-Exactive.
- Identificación y cuantificación relativa del nivel de expresión de proteínas mediante análisis por espectrometría de masas Q-Exactive (SILAC, iTRAQ, label-free).
- Monitorización selectiva de iones parentales y de sus fragmentos (SIM y PRM, respectivamente) mediante el Q-Exactive en experimentos de proteómica dirigida.
- Identificación de fosfopéptidos a partir de mezclas complejas de proteínas.
GENÓMICA:
El Servicio dispone de las herramientas necesarias para la realización de estudios básicos de genómica funcional y de expresión.
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Cuantificación de biomoléculas (espectrofotómetro NanoDrop)
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Electroforesis en chip:
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de ARN, para la evaluación de su integridad, previa a experimentos de microarrays o rt-PCR;
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de ADN;
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de proteínas.
- Análisis cuantitativo y cualitativo de ácidos nucleicos.
- PCR en tiempo real.
- Disponemos de la colección de sondas de genoma humano Universal Probe Library de Roche.
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EQUIPOS DEL SERVICIO:
El equipamiento actual del Servicio es el siguiente:
PROTEÓMICA:
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2 unidades de isoelectroenfoque Protean IEF cell (BIO-RAD), para la primera dimensión de los geles 2D en tiras de 7 cm de diferentes rangos de pH: 3-10 no lineal, 3-10-lineal y 4-7 lineal.
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1 Cubeta multigel Miniprotean Dodecacell (BIO_RAD), para la electroforesis simultánea de hasta 12 geles de 8 x 7 cm. Este equipamiento permite la optimización de las condiciones de separación electroforética con una menor cantidad de muestra y un bajo coste.
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Espectrómetro de masas MALDI-TOF-TOF Autoflex III (Bruker) que permite determinar masas moleculares e identificar proteínas mediante su huella peptídica y fragmentación de péptidos.
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Espectrómetro de masas Q-Exactive (ThermoScientific) dotado de una fuente de ionización nano (Proxeon) conectada en línea a un nano-UPLC Easy-LC 1000 (Proxeon). Consta de un cuadrupolo, una trampa iónica (C-trap) y un analizador Orbitrap. El sistema está pensado para la identificación de proteínas en proteomas complejos (p.e identificación de proteínas en bandas de geles 1D, inmunoprecipitaciones, etc), la identificación de sitios de fosforilación u otras modificaciones, así como para la realización de experimentos de proteómica cuantitativa diferencial (SILAC, iTRAQ, Label-free). Resulta particularmente apropiado tanto para la realización de proteómica “shotgun” como de experimentos SIM (single ion monitoring) y PRM (parallel reaction monitoring), propios de proteómica dirigida (“targeted proteomics”), debido a su configuración. Combina las ventajas del cuadrupolo para filtrado de masas y las del Orbitrap para resolución y precisión de masas.
GENÓMICA:
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Nanodrop ND-1000. Espectrofotómetro UV-visible que permite cuantificar rápidamente ADN, ARN, proteínas, ácidos nucleicos y proteínas marcadas, etc., con un consumo de 1-2 µl de muestra.
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2 Sistemas de electroforesis en chip Experion (BIO-RAD). En solo 30 minutos y con un mínimo consumo de muestra, se realiza la separación electroforética y la detección de las bandas de muestras proteínicas de 10-260 kDa (10 muestras/chip), de ARN (12 muestras/chip) y de ADN (11 muestras/chip). Este sistema resulta de gran utilidad para el análisis sistemático de la integridad de las preparaciones de ARN.
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2 Termocicladores de PCR en tiempo real (rt-PCR): iQ5 (BIO-RAD) y LightCycler 96 (Roche).. Detección mediante fluorescencia (SYBR Green o sondas específicas) que permite el análisis multiplex de hasta 5 fluoróforos. Se emplean placas de 96 pocillos. Entre sus aplicaciones se encuentran la cuantificación relativa de la expresión génica, la discriminación alélica (SNPs), la cuantificación absoluta, la determinación de la carga viral, el análisis de punto final, etc.
Instrucciones
Los usuarios interesados en utilizar el Proteómica y Genómica pueden contactar a través del correo electrónico proteomica@cib.csic.es o en el teléfono 911098024. Se recomienda contactar con el Servicio, antes de realizar el envío de cualquier muestra.
El servicio no se hace responsable de los resultados obtenidos si las muestras no cumplen las condiciones especificadas en el apartado “Instrucciones para el envío de muestras”.
Los análisis de resultados y su correspondiente interpretación, así como la elaboración de figuras y/o textos, encaminados a su publicación no están incluidos en la prestación del Servicio. En dichos casos pueden considerarse estas tareas en la categoría de "colaboración", cuyas condiciones serán acordadas por adelantado entre el investigador principal del grupo del usuario y el personal del Servicio.
INSTRUCCIONES PARA EL ENVÍO DE MUESTRAS.
FORMULARIOS DE PETICIÓN DEL SERVICIO:
Formulario petición Masa Molecular.pdf
Formulario petición Identificación por Huella Péptidica y Fragmentación .pdf
Formulario petición de identificación de fosfopéptidos.pdf
Formulario petición de SDS-PAGE.pdf
Formulario petición de electroforesis bidimensional.pdf
Miembros
Francisco García Tabares |
Tamar San Hipólito Marín |
Vivian De los Rios Benítez |