Molecular Biology of the Chromosomes

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We are interested in all the biological processes where DNA is involved: replication, transcription, repair and recombination, how are they regulated and how they alter and are affected by epigenetic factors such as DNA topology and chromatin organization.

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a) Initiation, Elongation, Blockage, Termination and Topology of DNA Replication.

b) Identificaction and Cloning of Genes Involved in Erythroid Differentiation.

Head:

Dora Beatriz Krimer Smunis

c) Replication Fork Barriers and DNA Instability.

Head:

Pablo Hernández Valenzuela

Staff Scientists
Pablo Hernández Valenzuela
Dora Beatriz Krimer Smunis

de Vasconcelos Junior, A., Tirado-Vélez, JM, Martín-Galiano, AJ, Megias, D, Ferrándiz, M-J; Hernández, P, Amblar, M, de la Campa, AG [2023]. StaR Is a Positive Regulator of Topoisomerase I Activity Involved in Supercoiling Maintenance in Streptococcus pneumoniae. Int. J. Mol. Sci. 24(6), 5973. https://doi.org/10.3390/ijms24065973

Cebrián, Jorge, Martínez, Victor, Hernández, Pablo, Krimer, Dora B., Fernández-Nestosa, María-José, Schvartzman, Jorge B. [2021]. Two-Dimensional Gel Electrophoresis to Study the Activity of Type IIA Topoisomerases on Plasmid Replication Intermediates. Biology 10 (11):1195. doi.org/10.3390/biology10111195

Schvartzman, Jorge B.; Martínez, Víctor; Hernández, Pablo; Krimer, Dora B.; Fernández-Nestosa, María-José [2021]. Changes in the Topology of DNA Replication Intermediates: Important Discrepancies Between in vitro and in vivo. BioEssays. DOI: doi.org/10.1002/bies.202000309

Ferrándiz, María J.; Hernández, Pablo; de la Campa, Adela G. [2021]. Genome-wide proximity between RNA polymerase and DNA topoisomerase I supports transcription in Streptococcus pneumoniae. PLoS Genetics 17(4): e1009542. doi.org/10.1371/journal.pgen.1009542

Sosa H., Fernández-Calleja V., Hernández P., Krimer D.B., Schvartzman and Fernández-Nestosa M.J. [2020]. Análisis de líneas celulares eritroleucémicas con deleciones de genes implicados en el desarrollo de enfermedades hematológicas severas. Doi:10.26885/rcei.foro.2019.19

Martínez V., Schaerer C., Hernández P., Krimer D.B., Schvartzman J.B. and Fernández-Nestosa M.J. [2020]. Distribution of torsional tension between the un-replicated and replicated regions in partially replicated molecules. J Biomol Struct Dynamics. DOI:10.1080/07391102.2020.1751294

Schvartzman J.B., Hernández P. and D.B. Krimer [2020]. Topological barriers: Progression of DNA replication relies on DNA topology ahead of forks. BioEssays. DOI: 10.1002/bies.201900204

Schvartzman J.B., Hernández P., Krimer D.B., Dorier J. and A. Stasiak [2019]. Closing the DNA replication cycle: from simple circular molecules to supercoiled and knotted DNA catenanes. Nucleic Acids Res. 47: 7182-7198. DOI: doi.org/10.1093/nar/gkz586

Fernández-Calleja V., Fernández-Nestosa M.J., Hernández P., Schvartzman J.B. and D.B. Krimer [2019]. CRISPR/Cas9-mediated deletion of the Wiskott-Aldrich syndrome locus causes actin cytoskeleton disorganization in murine erythroleukemia cells. PeerJ 7:e6284

Martínez V., Schaerer C., Fernández-Nestosa M.J., Hernández P., Krimer D.B., and Schvartzman J.B. [2018]. Topology of Partially Replicated DNA Molecules. Proceeding Series of the Brazilian Society of Computational and Applied Mathematics

All Publications

BFU2017-87095-R. Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. Impacto de disruptores endocrinos ambientales sobre células germinales femeninas en alteraciones epigenéticas transgeneracionales mediadas por RNAs pequeños no-codificantes. IP: Jesús del Mazo.

BIO2017-82951-R. Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. Estudio de los factores que organizan el cromosoma de Streptococcus pneumoniae: nuevas dianas de antibióticos y mecanismos de resistencia. IP: Adela González de la Campa.

Programa PROCIENCIA del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), Componente I1. Fondos Concursables de Proyectos de I+D. PINV15-573 “Estructura y dinámica del ADN durante la replicación” PIs: Jorge B. Schvartzman y María José Fernández-Nestosa. 2017-2020.

Programa PROCIENCIA del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), Componente I3. Proyectos de Infraestructura y equipamiento para la Investigación. LABO16-102 “Centrífugación de alta velocidad para la separación de partículas de bajo coeficiente de sedimentación (minicromosomas, plásmidos, fagos y macromoléculas)” PI: María José Fernández-Nestosa. 2018-2020

Programa PROCIENCIA del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), Componente I1. Fondos Concursables de Proyectos de I+D. PINV18-122 “Efecto de la deleción de proteínas específicas del linaje hematopoyético sobre la reprogramación de la diferenciación en células eritroleucémicas”. PI: Dora B. Krimer. 2020-2021

BFU2014-56835-P. Ministerio de Economía y Competitividad. Dinámica de la topología del DNA y el papel de las topoisomerasas en transcripción, replicación, condensación, segregación, reparación y recombinación.

AECID, AP/038170/11, “Mecanismos moleculares de la diferenciación celular”, IPs: DB Krimer y MJ Fernández-Nestosa, (PCI 2011 AECID, 2011-2012)

I-COOP0009 (CSIC). “Impact of the SFFV retrovirus integration in erythroleukemia cells”, IPs: DB Krimer y MJ Fernández-Nestosa (2011-2013)

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